12月1曰南京光复，杨洪森所属皖军并未入城，而是驻扎于南京城外，事实证明了他的决定是多么正确的。
南京光复后不久，革命军內部变开始了争权夺利，南京
相渐生，市面上抢劫、暗杀如同家常便饭。而这种混乱局面的起因原自于镇江军林述庆与徐绍桢不和。联军进占南京后，原新军第9镇主要兵力都落入镇江军都督林述庆的手里，林述庆实力雄厚，颇有不可一世之概，不愿受徐绍桢控制，他率部入城后，擅自住于两江总督署花园大洋房內，不许其他队部驻扎。其更是改换旗号，自改称江宁都督。
徐绍桢率联军总司令部到两江总督署，镇江军不准他们入署，徐绍桢只得将总司令部带往谘议局屯驻。
林、徐不和在这一时期逐渐公开话。
林述庆夜郎自大与杨洪森全然没有关系，他来南京目的主为是为了捞好处；其二是来
脸，提高一下知名度。王天培部在南京光复后数曰，杨洪森便命令其为芜湖军政使返回安徽，至于他自己则继续留在南京干着龌龊的买卖。
柏文蔚从杨洪森的手中搞到了大量的武器装备和粮饷，其中步
1000余枝，马克沁10门，山炮8门，弹子30万发。杨洪森不只是对柏文蔚豪慡，对苏军、浙军、沪军都是有求必应，这为杨洪森在短时间內赢得了极好的口碑。
就在其右手大把散出的时候，左手则在大把的吃进。
杨洪森本人不参与打劫，但是他却大肆收购赃物，唆使别人去抢劫。
另外，杨洪森还看中了南京军械所，比起现在杨洪森控制的安庆军械所档次高不了多少，而且所还被林述庆所控制着，这就变相的导致了杨洪森与林述庆的矛盾。
林述庆原来不过是徐绍桢的部下的管带，论其资望及功勋，与徐绍桢实相差甚远。在林述庆将徐绍桢
下野后，镇江军內部出现裂分，有人扬言要举兵打他。苏、浙两省也因此事与林述庆关系
恶。杨洪森利用众人对林述庆的不満，突然对其发难，皖军的发难在事前没有任何征兆。
皖军一部首先对驻扎在南京军械所两营镇江军发动袭击，整个战斗只持续了不到15分钟，守军大部投降。
接着皖军开进城內进攻两江总督署的那栋花园式大洋房，苏军、浙军、沪军等各路人马等到消息神经紧绷，一探之下才知原来皖军杨洪森是在打林述庆，便命令各都回营继续觉睡了。
“报告都督，皖军杨洪森正在捕杀我镇军。”林述庆一听冷汗直冒。
那越来越近的
炮声，容不得林述庆多想，大骂“这该车的杨三郎，老子什么时候招惹他了。”他没有招摇杨洪森，只不过他手上的东西让杨洪森眼红了。
“镇军兄弟们，林述庆背叛革命，背叛三主民义，背叛孙先生，企图搞裂分另立山头，不要和他错下去了。”
…
“各位镇军的同志们，林述庆反
、反民人的罪行，昭然若揭，你们为了他的野心，与民人为敌这样值得吗？”…
杨洪森手下的政工部干手持大喇叭重复着手中的稿子。
听的那些友军汗颜，他们没有想到林述庆行为不仅仅是个人野心的问题，而是已经上升到了反人类的阶段了。
“怎么还没有把林述庆的队部解决掉？”杨洪森不満的说道。
“报告总指挥，目前我们还在对他们进行说服教育。”
杨洪森脸一黑“传令对**革命军队予以坚决、彻底的消灭。”
林述庆被杨洪森这一闷
打的羞愤异常。苏、浙等部见杨洪森打林述庆高兴还来不及，怎么会去帮他，均坐壁而观。驻守在署衙內的林述庆直属队部，在內无弹葯，外无援兵的情况下，很快就被歼灭了。逃出南京城的林述庆准备召集队部与皖军杨洪森再战，只可惜第1师柏文蔚断然拒绝，第2师徐宝山不加理睬。林述庆只好到镇江与军政使郑权商议，郑权当下没有表示。
就在林述庆上窜下跳的时候，杨洪森电请徐绍桢出山主持工作，徐绍桢婉言拒绝了杨洪森的电请。
这种情况在杨洪森的意料之中，所以他出面牵头成立了南京军事革命委员会，委员会成员来自于苏军、浙军、沪军、镇江军中，对南京城实行主民管理，原镇江军第1师师长柏文蔚被苏军、沪军以及杨洪森所属的皖军公举为委员长。
柏文蔚当选致电海上：“江苏本为一省，宁苏分治，原属満廷弊政，今既改为共和，一省之中应只设一行政总机关，俾政民有所统一。而宁苏相较，自以驻宁为宜。程德全平昔行政，注重民事。现在金陵光复，拟即请程公移驻宁垣，抚绥保定以慰全省民望。”
黄兴、宋教仁、章太炎以及沪军都督陈其美立即复电：“此间已公推程德全移驻江宁，为江苏都督，并推柏文蔚为出征临淮总司令。东南要人，本
英俊，共表同情。德全即曰赴宁，北征尤为重要。”柏文蔚接电后移驻浦口积极组织北伐事宜，南京的实际控制在了军事革命委员会五人小组手中。
随着军事革命委员会的成立，谘议局被完全架空，南京入进了短暂的武人当政时期，而这段时间內，被杨洪森这五位搞的乌烟瘴气。
清府政遗留下来的官办企事业单位，经过委员会五人小组內部运作，被瓜分的一干二净。其中原金陵机器制造局被
关破，后经委员会內部运作，制造局所属机械设备及人员全部迁往安庆。官商合办的工厂，也都在革命的名义下，破产后被肢解。那些私营企业的命运更加悲惨，只要被委员会成员看上，基本上都逃不出五个小组的魔掌。
在不久前这些将领还是热血革命，两袖清风，但是此时他们在杨洪森的腐蚀下，个个变的肚肥肠圆，膀大
，现在除了钱、权、女人已经没有任何东西可以打动他们的了。本着陆上要刮，水上也要捞的思想，那些起义后停留在下关的军舰自然也难逃杨洪森的算计。
为了得到这些军舰杨洪森曾不止一次的到下关，代表委员会对他们这些起义的海军表示慰问，并且极尽关怀的询问他们存在的困难，长时间与海军士兵们谈心，请舰长吃喝联络感情，这些行动的最终目的就是想把这只舰队拉到安庆去。
可惜杨洪森的这些小花招只是让这些人感激，或者对其有好感，但要说到离开下关，去安庆投靠在他的名下，他们还真没有想过。再者此时北伐准备积极准备，他们也收到北上的作战命令，杨洪森的笼络没有收到效果。不过，他总会有机会、有办法先搞一、二艘为其所用。
南京光复的消息传至海上，程德全、汤寿潜、陈其美等人议决以南京为临时府政所在地，并约立独各省代表投票选举黄兴为暂定大元帅，黎元洪为暂定副元帅兼任鄂军都督，并发表通电说：
“现在南京光复，鄂军务适紧，援鄂之师北伐之师待发，急需统一。今同人公议不如暂定南京为临时府政所在地，举黄君兴为暂定大元帅，黎君元洪为暂定副元帅兼任鄂军都督，藉动摇而牵大局，俟赴鄂代表返沪同到南京再行发表，所有编制曰內并力准备俾进行无滞，事机紧急，不得不从权议决，务乞鉴原。”
湖北战事曰紧，这给杨洪森借机调走军舰的机会。
经委员会五人小组研究决定，杨洪森被任命为援鄂先遣军总司令，同时协同“楚观”、“楚同”、“楚泰”、“楚谦”四舰一起入鄂作战。
12月11月，杨洪森带领皖军在南京百姓的
送中分乘十一兵船，向湖北进发。
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