更致命的是，倭国已经找不到大军来防守这些地方了，不得已足利义晴和北条氏纲两人把所有的守军全都集合到了京都，想要誓死守住倭国之都城。
这里是他们的京都，是他们文明的发源地，是他们精神的家乡，足利义晴甚至喊出来“京都失，宁愿死”的口号。
五月初，明军开始围困京都，整个京畿十国根本就没有守军，大军到来之前几乎所有的城门都是开着的，里面能跑的人全都跑了。
其实北条氏纲是不赞成死守京都的，他建议带着天皇跑到关东去，那里是整个倭国现在最为繁华的地方，而且地势广阔，只要控制住了那里未尝没有和明军一战的勇气。
但是这个建议却足利义晴所否定了，因为京都不但是倭国的都城，也是他们室町幕府的根本所在，同样的守住京都不但意义重大，而且也可以阻止明军进攻北部关东地区，这样同样不失为一个好策略。
好吧，北条氏纲直接便怒了，他可不认为靠着两人能够守住京都，弄不好大家都要死在这里，见足利义晴不愿意听从自己的建议，非要死守京都，脾气暴
的北条氏纲直接带上自己的大军退守若陕、近江和伊势三地。事实证明，北条氏纲的想法是对的，足利义晴的想法确实是太天真了，靠着他不到两万的兵力根本就无法守住京都。
在明军围攻了三曰之后，京都在几乎被焚毁之后落到了明军的手中。这座倭国文明的发源地在几十年內连番遭受战火的躏蹂。
京都陷落，足利义晴战死城墙，室町幕府彻底灭绝，整个倭国几乎陷入一片死寂。所有的人心里都在
血，都在悲伤。好在北条氏纲临走之前強行带走了后柏原天皇，这让退守倭国中部以及北面的他不但独揽了大权，而且也有了大义的名分。
家国生死存亡。吾等应尽皆战死效果，仗着后柏原天皇的名义，北条氏纲独揽大权，在中部以及北部地区大肆招募将士，征调各诸侯国的军队。
这个时候这些中部以及北部的诸侯国已经不像一开始那样防备着来自京都方面的人了，迫切的危机感让他们不得不放下以往的一切仇视。
占领了京都，郭城焚城三曰，之后派人东进大阪平原。随着北条氏纲的逃亡，大阪平原上已经没有守军。
但是虽然如此，令明军没有想到的是。那里的平民竟然是有史以来抵抗最为
烈的，占领了大阪之后，那里的明军不但不配合，而且还总是暗中捣乱，甚至暗杀明军将士。占领大阪在场战之上明军的死伤都没有超过一千，但是被那些平民使用各种手段害死的决多大一千多人，这其中更是以伊贺和河內两个地方最为严重。
郭城几乎怒不可遏，凡反抗者格杀勿论。分不清谁是良民，谁暗中反抗。那就全部都杀了。
至此明军来到倭国之后最大的一场杀屠拉开了帷幕，杀屠从京畿西国开始，一直蔓延到大阪的海边，一村有人反抗便杀屠一村。一城有人反抗便杀屠一城。
倒地有多少人被杀屠没有记载，但是根据后来推测当时半年之內被杀的人不少于四十万，整个京畿西国以及大阪平原地区几乎十室九空。不过大明的官方却一直没有承认过这一点，他们始终坚持之所以会出现十室九空的局面完全是后来北条氏纲发动瘟疫战一手造成的。
北条氏纲纠集了超过十万大军用来防守。但是最后却仍旧以失败告终，因为他根本就无法守住。十万大军倒是能够暂时挡住明军不让他们从正南方北进。
但是倭国不是大明，他们地域狭小。四面环海，在大明有強大海军的情况下，他们可以从任意一个地方登陆。但是北条氏纲却没有足够的大军进行防守每一个沿海地区。
郭城和钱如京经过策划从海路越过志摩，直接出现在了伊势的后面，郭城从北侧登陆直接进攻驻扎在伊势的倭国守军。
对方溃败，伊势失守，北条氏纲辛苦维持了才半个月的伊势、近江、若陕防线便宣告崩溃。
伊势位于近江的东北面，伊势失守，近江腹背受敌，北条氏纲在近江三战三败，没能挽回败局，不得不撤出近江。
而若陕的守军则看到自己北回的退路被彻底切断了之后，开城纳降。
北条氏纲大败而归，倭国中部诸侯国见到明军已经无从打败，便心生投靠之意，趁着北条氏纲败回之际，众人齐力将北条氏纲赶出了城池。
北条氏纲刚刚大受打击，便又被部下驱逐，心灰意冷的他直接放弃了除关东之外所有的领地。
北条氏纲退守关东，整个本州岛除了关东之外很快便全都到了大明的统治之下，对关东的最后决战即将展开。
六月，双方的伊豆展开了惨烈的攻防战，由于伊豆四面环山，易守难攻，对明军的进攻造成了很大的困难。
双方大战半月，上杉家族几乎全部阵亡，明军终于占领倭国东海道南部，伊豆失守，北条氏纲带着残兵败将以及天皇逃窜武蔵国。这个时候他已经不能用退守来形容了。
接连的败仗不但严重摧残着北条氏纲的信心，同样也在一步一步的
发着他的暴性格，退守途中北条氏纲找来了大量郎中，沿途不断的杀戮并收集死尸。控制了伊豆之后，郭城开始进军武蔵国，那里是后世倭国东京所在的地方，很有可能也是此次大明的最后一站。
明军兵锋一曰千里，防守的北条氏纲根本就毫无还手之力，但是很快，郭城发现不对劲了，因为这段时间大军之中经常出现无故感冒的人。
如果是偶尔的一两个还好说，但是一下子成片成片的出现，那就不正常了。
意识到事态严重新的郭城立马下令停止进攻，将所有出现不适症状的人全都隔离，然后找来军中郎中诊断。
瘟疫，果真如郭城所预料的那样，大军之中出现了瘟疫。
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